Přírodní památka Svatý Kříž byla zřízena v roce 2011 z důvodu ochrany evropsky významné lokality. Předmětem evropské ochrany je lokalita výskytu taxonu hořeček mnohotvarý český (Gentianella praecox subsp. bohemica). Přírodní památka Svatý Kříž se nachází z hlediska biogeografického členění v českokrumlovském bioregionu, z hlediska fytogeografického členění ve fytogeografickém podokrese Českokrumlovské Předšumaví, v nadmořské výšce 574 - 620 m n.m.

Evropské ochrany požívá zdejší druh hořečku. Podle stávající platné nomenklatury (Kubát: Klíč ke květeně ČR, 2002) se jedná o taxon hořeček mnohotvarý český (Gentianella praecox subsp. bohemica). Vyhláška MŽP ČR č. 395/1992 Sb. řadí hořeček mnohotvarý český mezi zvláště chráněné druhy v kategorii kriticky ohrožený, do stejné kategorie je řazen i v Červeném seznamu. Hořeček mnohotvarý český je dvouletá bylina s přímou větvenou lodyhou vysokou obvykle 20 – 30 cm. Listy jsou kopisťovité a za květu většinou již odumřelé. Ve druhé polovině srpna lodyhy rozkvétají fialovými zvonečky. Na jedné lodyze jich bývá až několik desítek. Květní obaly jsou pětičetné, kalich má nápadné cípy, barva koruny je modrofialová.

Hořeček mnohotvarý český je endemitem Českého masivu. Jeho historický areál zahrnuje Českou republiku, severní Rakousko, Bavorsko a jižní Polsko. V Čechách se historicky vyskytoval na většině území kromě západních a severozápadních Čech a jihovýchodní a východní Moravy. Věrohodně je doložen z více než 650 lokalit v ČR a několika desítek historických lokalit z Rakouska, Bavorska a Polska. Dle botanických údajů byl taxon ještě ve 30. letech 20. století zejména v centrální části svého areálu v obhospodařované krajině poměrně hojný. Úbytek lokalit výskytu druhu i jejich rozlohy souvisí pravděpodobně především se změnami hospodaření v krajině, zejména s přerušením pastvy ovcí a koz, zarůstáním nebo cíleným zalesňováním stanovišť a eutrofizací.

V současné době se jmenovaný druh hořečku vyskytuje zejména na stávajících či nedávno opuštěných pastvinách a na loukách. V letech 2000 až 2010 bylo evidováno celkem 69 lokalit v pěti oblastech ČR. Populace hořečku na zdejší lokalitě na svazích vrchu Svatý Kříž je jednou z nejbohatších a plošně nejrozsáhlejších v České republice a zároveň v celém areálu taxonu. Početnost kvetoucích rostlin v jednotlivých letech kolísá, což je pro tento taxon typické. Nejbohatší je louka na severním svahu kopce Svatý Kříž, na níž v příznivých letech kvete několik tisíc rostlin, v letech méně příznivých jsou to řádově stovky kvetoucích exemplářů. Podstatně méně bohatá je louka jižního svahu, kde se vyskytuje většinou několik desítek kvetoucích exemplářů. Ve východním cípu přírodní památky, který je součástí pastvin, se najdou hořečky ve větším počtu jen za zvlášť příznivých podmínek.

Zdejší lokalita je velice zajímavá nejen pro výskyt hořečků. Příčinou větší floristické bohatosti je podloží lokality, které tvoří pararuly s četnými vložkami krystalického vápence a řidčeji i amfibolitu. V podrostu smíšeného lesa, který tvoří menší část přírodní památky, roste hojně například lilie zlatohlavá (Lilium martagon), až metr vysoká rostlina s listy v přeslenu a hroznem zajímavých růžovofialových květů, které jsou nící a jejich okvětní lístky jsou od báze obloukovitě ven zahnuté, kokořík vonný (Polygonatum odoratum) s dvouřadě uspořádanými listy a bílými květy vyrůstajícími v paždí těchto listů, nebo žindava evropská (Sanicula europaea), mrkvovitá rostlina s dlanitě dělenými listy v přízemní růžici a nenápadnými bílými květy v drobných okolících. V keřovém patru je hojný zimolez obecný, dříve pýřitý (Lonicera xylosteum) se vstřícnými listy a bílými květy, nápadný na podzim červenými bobulkami. Také zde roste růže převislá (Rosa pendulina), charakteristická růže se staršími větvemi skoro bez trnů, s typickými tmavě růžovými květy a poté nícími šípky lahvicovitého tvaru.

V lesních lemech a na okraji luk se uplatňují koberce jetele prostředního (Triforium medium) s hlávkami červenofialových květů, který má na rozdíl od běžného jetele lučního užší lístečky ve trojlístku a tmavší barvu květů. Hojně zde roste řepík lékařský (Agrimonia eupatoria), až metr vysoká bylina s hroznem drobných žlutých květů, později plodů s háčkovitými chlupy, které se přichytí na oděv. Jeho odvary se odedávna používaly na hojení ran.

Na jižní louce, která je poněkud sušší, zaujme v jarním spektru například kokrhel větší (Rhinanthus major), konkurenčně slabá poloparazitická rostlina vytvářející na svých kořenech přísavky, kterými se přichytává na hostitelské rostliny. Její lodyha je přímá, listy mají pilovitě vroubkovaný okraj, květenství žlutých květů je hroznovité, typické nafouklými kalichy, z nichž vyrůstá dlouhá korunní trubka a na ní žlutá koruna s vyklenutým horním pyskem s fialovými cípy. Zajímavá je pupava bezlodyžná (Carlina acaulis) s růžicí pichlavých listů a nápadnými velkými úbory, které se za deště zavírají. Z trav je nejnápadnější ovsíř pýřitý (Avenula pubescens), kolem půl metru vysoká tráva s latou květů, pro něž je typická dlouhá tmavá osina na pluše, nebo jemná třeslice prostřední (Briza media) s typickými klásky srdčitého tvaru, po stranách sploštělými, na tenkých stopkách, které se při větru třesou. V létě zde zaujme zejména čičorka pestrá (Securigera varia) s poléhavými vystoupavými až metr dlouhými lodyhami a bohatými okolíky růžobílých květů, dále chrpa čekánek (Centaurea scabiosa), krásná fialově kvetoucí chrpa, jejíž úbory za slunného počasí lákají motýly, nebo žlutě kvetoucí devaterník velkokvětý tmavý (Helianthemum grandiflorum ssp. obscurum). V létě se může v porostu objevit nezelená rostlina – je to záraza bílá (Orobanche alba), parazitující na hluchavkovitých rostlinách. Mezi křovinami, které zarůstají nekosené okraje louky, je nejnápadnější trnitý keř dřišťál obecný (Berberis vulgaris), na jaře obsypaný žlutými květy a na podzim drobnými červenými plody.

Severní louka je poněkud vlhčí. Již časně zjara zde kvetou žlutými zvonečky prvosenky vyšší (Primula elatior) s bledšími květy, než mají prvosenky jarní rostoucí v nižších polohách. V květnovém spektru zaujme zvonečník černý (Phyteuma nigrum) s klasem černofialových květů nebo kuklík potoční (Geum rivale), jehož nápadné zvonkovitě převislé květy mají nepříliš častou, červenohnědou barvu.

Travobylinná společenstva luk obsahující vzácné rostliny jsou zcela závislá na stabilní údržbě lokality. Bez trvalého managementu by v lokalitě převzaly dominanci konkurenčně silné druhy trav a bylin, poté, s postupem sukcese, dřeviny, a unikátní společenstvo s hořečky i dalšími vzácnými druhy rostlin by zaniklo.