Evropsky významná lokalita (EVL) Borkovická blata byla zřízena nařízením vlády ČR v roce 2005. Z hlediska biogeografického členění se rozkládá v třeboňském bioregionu, z hlediska fytogeografického členění ve fytogeografickém okrese Třeboňská pánev, v nadmořské výšce cca 413 - 428 m n. m. Důvodem evropské ochrany jsou přechodová rašeliniště a třasoviště, rašelinný les, bezkolencové louky a lokalita výskytu vážky jasnoskvrnné (Leucorrhinia pectoralis).

Nejcennějšími složkami vegetace, které se v rozsáhlém území zachovaly, jsou zbytky blatkových borů a rašelinných brusnicových borů na ložisku Borkovická blata v severozápadní části území a rozsáhlý komplex společenstev přechodového rašeliniště na ložisku Kozohlůdky v jihovýchodní části území. Blatkové bory nesou svůj název podle borovice typické pro rašelinná stanoviště, a to borovice blatky (Pinus rotundata), která je středoevropským endemitem. Dorůstá nižší výšky než borovice lesní, borka kmene je tmavá až nahoru do koruny a šišky nápadně asymetrické. V blatkových a rašelinných borech hojně roste rojovník bahenní (Ledum palustre), což je typický keř s kožovitými drobnými listy. V květnu a červnu kvete bílými květy v okolících a v té době omamně voní. Na rašeliništích se po kobercích mechů rašeliníků (Sphagnum sp.) plazí větvičky ohrožené klikvy bahenní (Oxycoccus palustris) s drobounkými listy, překrásným růžovým květem a poté velikou červenou bobulí. Na vlhké rašelině rozkládá své růžice i chráněná rosnatka okrouhlolistá (Drosera rotundifolia), masožravka lapající hmyz pomocí lepkavých chloupků na svých okrouhlých listech. Masožravkami jsou i bublinatky - hojná bublinatka jižní (Utricularia australis) a vzácnější bublinatka menší (U. minor), rostoucí v rašelinných tůňkách, které bleskově nasávají neopatrné bezobratlé živočichy do měchýřků na listech. Vzácnou ostřicí zdejších rašelinišť je ostřice plstnatoplodá (Carex lasiocarpa) s nápadně dlouhými svinutými listy. Nápadné jsou suchopýry s dlouhými bílými chlupy v kláscích, které vypadají jako chomáčky vaty. Hojnější je suchopýr úzkolistý (Eriophorum angustifolium) s více klásky, vzácnější je suchopýr pochvatý (Eriophorum vaginatum), který nese jen jeden klásek. Ze zajímavějších druhů lze jmenovat ještě vrbinu kytkokvětou (Lysimachia thyrsiflora), rostoucí na okraji tůní a žlutě kvetoucí na přelomu května a června v hustých úžlabních hroznech, vachtu trojlistou (Menyanthes trifoliata) s překrásnými bílými květy, nebo růžově kvetoucí keře tavolníku vrbolistého (Spiraea salicifolia), o jehož původnosti v jižních Čechách se dodnes vedou odborné diskuze.

Borkovická blata jsou bohatá na pozoruhodné druhy hmyzu. Můžete zde najít hned čtyři vzácné druhy vážek – lesklici skvrnitou (Somatochlora flavomaculata), šídlo luční (Brachytron pratense), vážku tmavoskvrnnou (Leucorrihina rubicunda) a vážku jasnoskvrnnou (Leucorrhinia pectoralis). Poslední jmenovaný druh, vážka jasnoskvrnná, je naší legislativou chráněn jako silně ohrožený druh a požívá rovněž evropské ochrany. Je nápadná velkou bílou skvrnou na čele a jasně žlutými skvrnami na svrchní straně 7. článku zadečku. Z motýlů zde žijí vzácné druhy vázané na rašeliniště, například modrásek stříbroskvrnný (Vacciniina optilete), jehož housenky žijí na borůvce a vlochyni, perleťovec severní (Boloria aquilonaris), jehož živnou rostlinou je klikva, nebo okáč stříbrooký (Coenonympha tulia), nenápadný hnědý motýlek vázaný na suchopýry. Na světlinách a okrajích remízků je možné spatřit krásného velkého motýla batolce červeného (Apatura ilia), který patří mezi zákonem chráněné druhy.

Tůně a zatopené plochy jsou důležitým rozmnožovacím místem chráněných obojživelníků. Nejpočetnější jsou zde „zelení skokani“ skokan zelený (Pelophylax esculentus (Rana kl. esculenta)) a skokan krátkonohý (Pelophylax (Rana) lessonae). Zástupcem „hnědých skokanů“ je kriticky ohrožený skokan ostronosý (Rana arvalis), jehož samci mají v době páření překrásně modré zbarvení. Potkat tu můžeme i ropuchu obecnou (Bufo bufo), blatnici skvrnitou (Pelobates fuscus), jejíž pulci mohou dorůstat délky až 17 centimetrů, a rosničku zelenou (Hyla arborea) s nápadnými přísavnými disky na prstech. Žijí zde i 3 druhy silně ohrožených čolků - čolek velký (Triturus cristatus), čolek obecný (Lissotriton (Triturus) vulgaris) a čolek horský (Ichthyosaura (Triturus) alpestris), jejichž larvy mají na rozdíl od pulců žab vnější keříčkovité žábry. Z plazů zde žije ještěrka živorodá (Zootoca vivipara), ještěrka obecná (Lacerta agilis), užovka obojková (Natrix natrix) a náš jediný jedovatý had zmije obecná (Vipera berus). Všichni jmenovaní plazi jsou zákonem chráněni. Dva ze zmiňovaných mají zajímavý způsob rozmnožování - ještěrka živorodá nosí vajíčka ve svém těle až do ukončení vývoje zárodku a klade je v okamžiku líhnutí mláďat (tzv. vejcoživorodost = ovoviviparie). Rodí tedy živá mláďata, ale nejde o pravou živorodost, jakou známe u savců. U zmije obecné se jedná již o přechod k pravé živorodosti, neboť vejce jsou během pobytu v těle samice vyživovány primitivní placentou. Ještěrka obecná a užovka obojková kladou vejce.

Ve zdejším rozsáhlém území hnízdí několik desítek druhů ptáků. Kromě běžných lesních druhů jako je například pěnkava obecná (Fringilla coelebs) nebo budníček větší (Phylloscopus trochilus) a b. menší (P. collybita) zde hnízdí i řada vzácných druhů. Na vytěžených plochách rašeliny pravidelně vyvádí mláďata silně ohrožený zástupce bahňáků bekasina otavní (Gallinago gallinago). Paseky obývají pěvci linduška lesní (Anthus trivialis) a l. luční (Anthus pratensis), na pasekách borových lesů se usadil silně ohrožený lelek lesní (Camprimulgus europaeus). Na vysokých bylinách vysedává bramborníček hnědý (Saxicola rubetra) podobně jako na větvích keřů ťuhýk šedý (Lanius excubitor) s černou lupičskou páskou přes oko. Z řádu dravců je zde hojná káně lesní (Buteo buteo), ale hnízdí zde i vzácnější druhy, jestřáb lesní (Accipiter gentilis), krahujec obecný (Accipiter nisus) a včelojed lesní (Pernis apivorus). Většina dravců se živí drobnými savci a ptáky, ale potravou včelojeda jsou kukly a dospělci včel, vos a sršňů. Ze sov zde hnízdí kalous ušatý (Asio otus), nápadný dlouhými pery kolem uší, která mu dala druhové jméno, dále naše nejmenší sova kulíšek nejmenší (Glaucidium passerinum) a v letech bohatých na hraboše tu v ostřicích zahnízdí i severská sova kalous pustovka (Asio flammeus). U rašelinných jezírek zastihneme ohroženou kachnu čírku obecnou (Anas crecca). Vzácností je zákonem chráněný kurovitý pták jeřábek lesní (Bonasa bonasia). Od roku 2007 zde po dlouhých desetiletích opět hnízdí i překrásný, kriticky ohrožený jeřáb popelavý (Grus grus), který se díky své ochraně pomalu vrací do bažinatých lesů střední Evropy.